第58章 卷五十四·晋元帝纪
司马睿，字景文，是晋宣帝司马懿的曾孙，琅邪恭王司马觐的儿子，于咸宁二年在洛阳出生。他出生时伴有奇异的神光照亮整个屋子，连所铺垫的干草都如同刚割下时那般新鲜。等他长大些，左额角处长出白色毫毛，鼻梁高挺，有帝王之相，眼睛明亮有神，顾盼之间光彩照人。十五岁时，他继承了琅邪王的爵位，从小就有美好的声誉。
在晋惠帝时期，王室变故频繁，司马睿常常以恭谨、俭朴、退让的姿态处世，才得以避免灾祸。他沉稳敏锐且有度量，行事不张扬，所以当时很多人并未看出他的不凡之处。只有侍中嵇绍觉得他与众不同，曾对人说：“琅邪王的气质骨骼非同寻常，恐怕不是做臣子的面相。”元康二年，司马睿被任命为员外散骑常侍，之后多次升迁，担任左将军，还跟随军队讨伐成都王司马颖。在荡阴之战失败后，他的叔父东安王司马繇被司马颖杀害。司马睿害怕灾祸殃及自己，打算出逃。出逃当晚月色明亮，禁卫森严，他根本没有机会离开，十分窘迫。可没多久，云雾弥漫，雷雨突然降临，巡逻的守卫都松懈了，他这才得以偷偷逃出。司马颖之前下令各个关卡不许贵人出城，司马睿到河阳时，被津吏阻拦。他的随从宋典随后赶到，用马鞭轻抽司马睿的马，笑着说：“舍长，官府禁止贵人通行，怎么连你也被拦住了！”津吏信以为真，便放他们通过了。司马睿回到洛阳，接了太妃一起回到封国。
东海王司马越在下邳招募士兵时，让司马睿暂任辅国将军，不久又加任他为平东将军，监管徐州各项军事事务，镇守下邳。很快，司马睿又升迁为安东将军，都督扬州诸军事。司马越往西迎接皇帝大驾时，留下司马睿驻守。永嘉初年，司马睿采用王导的计策，开始镇守建邺。他任用顾荣为军司马，贺循为参佐，王敦、王导、周顗、刁协等人作为心腹骨干，以宾客之礼对待有名望的贤才，关心当地风俗民情，江东百姓渐渐归心于他。后来，太妃在封国去世，司马睿上表请求奔丧，葬礼结束后返回镇守之地，朝廷给他增加宣城郡二万户的封地，加授镇东大将军、开府仪同三司的官职。他接受司马越的命令，讨伐征东将军周馥，把周馥赶走了。
等到晋怀帝在平阳被囚禁，司空荀藩等人向天下发布檄文，推举司马睿为盟主。江州刺史华轶不服从，司马睿派豫章内史周广、前江州刺史卫展讨伐并擒获了他。晋愍帝即位后，加授司马睿为左丞相。过了一年多，又进位为丞相、大都督中外诸军事。司马睿派遣将领们分别平定江东，在宣城斩杀叛将孙弼，在湘州平定杜弢之乱，秉承皇帝旨意赦免荆、扬二州。等到西晋都城长安失守，司马睿出兵在外露宿，亲自穿上铠甲，向四方发布檄文，征召天下兵马，约定日期进军讨伐。当时，临安出现玉册，江宁发现白玉麒麟神玺，上面刻着“长寿万年”的字样，太阳出现多重光晕，大家都认为这是晋朝中兴的征兆。
建武元年春二月辛巳日，平东将军宋哲到达，宣读晋愍帝的诏书：“国家命运艰难，皇纲不振。朕德行浅薄，继承大业，却不能祈求上天赐予长久国运，延续中兴，以至于凶恶的胡人竟敢率领乌合之众，进逼京城。朕如今被困在这穷困之城，忧虑万千，恐怕城池一旦崩溃。你前往丞相处，详细传达朕的旨意，让他总理万机，及时占据旧都，修复皇家陵庙，以雪国耻。”三月，司马睿身着素服外出，举哀三天。西阳王司马羕以及群臣僚属、各州的征牧守等都请求司马睿称帝，他没有答应。司马羕等人以死坚决请求，再三劝说。司马睿感慨落泪，说：“我是罪人，只有坚守节义、以死明志，来洗刷天下的耻辱，或许才能赎回应受的刑罚。我本来只是琅邪王，各位贤能之士却逼迫我不停！”说完就招呼私人奴仆备车，打算返回封国。群臣不敢再逼迫，请求依照魏晋旧例，让司马睿先做晋王，司马睿答应了。辛卯日，司马睿即晋王位，大赦天下，更改年号，但犯杀害祖父母、父母之罪，以及刘聪、石勒等人，不适用这个赦令。各位参军被任命为奉车都尉，掾属被任命为驸马都尉。他征召了一百多名掾属，当时的人称之为“百六掾”。于是，他设置百官，在建康建立宗庙社稷。当时四方纷纷进献祥瑞，司马睿却说：“我肩负着天下的责任，却没能反思过错，哪有什么祥瑞征兆呢？”丙辰日，他立世子司马绍为晋王太子，任命抚军大将军、西阳王司马羕为太保，征南大将军、汉安侯王敦为大将军，右将军王导都督中外诸军事、骠骑将军，左长史刁协为尚书左仆射，封儿子宣城公司马裒为琅邪王。六月丙寅日，司空、并州刺史、广武侯刘琨，幽州刺史、左贤王、渤海公段匹磾，领护乌丸校尉、镇北将军刘翰，单于、广宁公段辰，辽西公段眷，冀州刺史、祝阿子邵续，青州刺史、广饶侯曹嶷，兖州刺史、定襄侯刘演，东夷校尉崔毖，鲜卑大都督慕容廆等一百八十人上书劝司马睿称帝。
大臣们说，上天生育万民，为他们设立君主，目的是让君主敬奉天地，治理百姓。圣明的帝王明白这个道理，深知天地不能缺少祭祀供奉，所以委屈自身来敬奉；知道百姓不能没有君主，所以不得已承担起统治的责任。当国家遭遇危难，就靠皇室宗亲来平定危局；要是宗庙祭祀有时废弛，就由贤明的宗室子弟继承祭祀。正是通过这样的方式，弘扬久远的风范，稳固国家万代基业，从三皇五帝以来，无一不是如此。
晋高祖宣皇帝司马懿开启晋朝的天命，世祖武皇帝司马炎继而统一华夏，历经三代辉煌，四位圣君相继传承，他们的恩泽如同虞舜，国祚比周朝还长久。但自元康年间起，艰难之事频繁发生，永嘉时期，局势更加混乱，皇帝失去统治，最终在胡人之地驾崩，国家危如累卵。幸好凭借先皇的德泽和宗庙的神灵护佑，皇帝得以继位，国家旧制得以整顿。新帝英明睿智，从小就展现出不凡资质，声名远扬。宰相掌管国家大政方针，百官辅助政务，四海百姓都渴望着国家中兴，民众心怀重获生机的希望。
谁也没想到，上天没有停止降下灾祸，大灾难接连降临，国家尚未摆脱困境，贼寇的祸害又迅速兴起。逆胡刘曜在长安肆意妄为，竟敢驱使乌合之众，欺凌残害京城。大臣我奉命出使归来，才得知西晋朝廷在去年十一月沦陷，皇上被囚禁劫持，又落入敌人之手，国家的象征四处流散，再次遭受荒乱逆贼的侮辱。我每次翻阅史籍，回顾以前的记载，像这样极端的厄运，古今都未曾有过。只要是生活在这片土地上的人，无不痛心疾首、悲痛欲绝，在大街小巷号啕痛哭。更何况我们这些连续三代蒙受皇恩，身处三公高位的人，听到这个消息震惊惶恐，精神恍惚，既震惊又惋惜，内心毫无主意，只能在北方边境举哀，君臣上下悲痛万分。
大臣们还说，黑暗与光明交替出现，厄运和好运相互转化，天命不会改变，历数自有归属。有时历经诸多艰难反而能巩固国家，有时深切的忧患能开启圣明之世。就像齐国发生无知之乱，却成就了齐桓公成为春秋五霸之首；晋国遭遇骊姬之乱，重耳最终主持诸侯会盟。国家不安定，就一定会有人来挽救危局；百姓几乎灭绝，就一定会有人延续国脉。陛下您，品德高尚通于神明，圣明的姿态与天地相契合，顺应了时代的需求，继承了千载难逢的国运。祥瑞的征兆表明，上天和百姓都已有所应验；国家中兴的预兆，在图谶典籍中早有记载。自从京城沦陷，天下分崩离析，百姓人心惶惶，无所归依，即使是夏朝遭受夷羿之乱，周朝宗室遭遇犬戎之祸，也比不上如今的惨状。
陛下您在江东安抚征伐，占据了旧吴之地，用仁德感化顺服之人，用刑罚讨伐叛逆之徒，以威严的力量震慑不轨之辈，凭借顺应天道的大义号召天下。纯正的教化得以推行，天下百姓就会诚心归附；正义的风气得以畅行，远方之人也会踮起脚跟向往。朝廷政务有条不紊，民间和睦安定。昔日少康中兴，被夏朝的史书传为美谈；周宣王中兴，被周朝的诗歌热情歌颂。更何况陛下您的丰功伟绩感动皇天，光辉照耀四海，百姓殷切期盼，无不衷心拥戴，在您声威教化所到之处，人们都甘愿做您的臣民！而且宣皇帝的后裔，如今只剩下陛下您，亿万百姓都归附于您，再无他人可与您相比。上天赐福大晋，必定会有君主，主持晋朝祭祀的，不是陛下您还能是谁呢！所以近处没有人有异议，远方也没有人有其他期望，歌颂的人无不吟诵陛下的美德，打官司的人无不思念陛下的圣明。天地之间已经交泰，华夏与夷狄的感情也融洽和谐。象征祥瑞的一角之兽、连理之木等吉祥征兆，大概有上百种。无论是文明之邦的百姓，还是偏远地区的民众，不约而同表达拥戴的，数以万计。因此，我们斗胆揣度天地的心意，顺应天下的意愿，冒死恳请陛下称帝。希望陛下怀有舜禹那样的至公之心，抛开许由、巢父那样过于清高的气节；以国家大事为重，不要把个人小节放在首位；以百姓的忧虑为忧，不要过于执着于辞让；对上能慰藉宗庙神灵眷顾之意，对下能解除天下百姓殷切期盼的辛劳。这样就如同在枯木上生出繁华，在朽骨中孕育丰肌，神灵和百姓都能获得安宁，没有比这更幸运的事了。
大臣们向晋元帝进言，说尊贵的皇位不能长时间空缺，国家的政务也不能长时间无人处理。哪怕空缺一天，皇位就会陷入危险；政务荒废十二天，国家就会陷入混乱。当下正是百王之后的末世，又逢国家的艰难时期，狡猾的贼寇暗中窥探，寻找国家的漏洞，百姓如波涛中的浮萍，内心无所依托，怎么能对这种情况置之不理呢？陛下即便想再犹豫拖延，那又怎么面对宗庙的列祖列宗，怎么面对天下百姓呢？过去晋惠公被秦国俘虏，晋国上下震惊恐惧，吕甥、郤芮等人商议，打算拥立子圉，对外能断绝敌人的企图，对内能稳定全国的人心。所以说：“国君虽被俘虏，但国家有新君，群臣和睦，与我国交好的会受到鼓励，与我国为敌的会感到畏惧。”过去的事不能忘记，这是后代行事的借鉴。陛下您圣明如同日月，再幽深的地方也能洞察，深远的谋略，皆出于您的心中。我们怀着对国家的忠诚与担忧，急切地盼望看到国家和百姓走向太平，所以才向陛下表达我们的赤诚之心，向陛下陈述这些想法。我们这些臣子忝居地方重任，长期在外任职，没能在朝廷中侍奉陛下，参与盛大的典礼，内心满怀激动，只能遥望南方，无尽期盼。
晋元帝下了温和的诏书答复他们，具体内容记载在《晋书·刘琨传》里。
石勒的部将石季龙围攻谯城，平西将军祖逖出击将他击退。己巳日，晋元帝向天下传发檄文说：“逆贼石勒，在黄河以北地区肆意暴虐，多年来逃避应有的惩罚，像游魂一样肆意妄为。如今又派遣凶恶的党羽石季龙率领乌合之众，渡过黄河南下，肆意毒害百姓。平西将军祖逖率领众人讨伐攻击，敌军立刻溃散。现在派遣车骑将军、琅邪王司马裒等九支军队，三万精锐士卒，从水陆四个方向，直接前往贼寇所在之地，接受祖逖的指挥调度。有能砍下石季龙首级的，赏赐绢三千匹，黄金五十斤，封县侯，食邑二千户。如果是贼寇的党羽能砍下并送来石季龙首级，赏赐和封爵也相同。”
七月，散骑侍郎朱嵩、尚书郎顾球去世，晋元帝十分悲痛，打算为他们举行哀悼仪式。有关部门上奏说，按照旧例，尚书郎不在举行哀悼的范围内。晋元帝说：“在这衰乱的时代，情况特殊，我特别为他们感到悲痛。”于是就为他们举行哀悼仪式，哭得非常悲痛。丁未日，梁王司马悝去世。朝廷任命太尉荀组为司徒，解除山林湖泽的禁令。
八月甲午日，晋元帝封梁王的世子司马翘为梁王。荆州刺史第五猗被贼寇首领杜曾推举，于是就和杜曾一同反叛。
九月戊寅日，王敦派武昌太守赵诱、襄阳太守朱轨、陵江将军黄峻讨伐第五猗，被第五猗的部将杜曾击败，赵诱等人都战死。石勒杀害了京兆太守华谞。梁州刺史周访讨伐杜曾，将其打得大败。
十月丁未日，琅邪王司马裒去世。
十一月甲子日，晋元帝封汝南王的儿子司马弼为新蔡王。丁卯日，任命司空刘琨为太尉。朝廷设置史官，建立太学。这一年，扬州发生大旱灾。
太兴元年春天正月戊申初一，晋元帝临朝听政，虽设置了乐悬，却没有奏乐。三月癸丑日，晋愍帝驾崩的消息传来，晋元帝身着斩缞之服，居住在守丧的庐舍中。丙辰日，百官请求元帝称帝。元帝下令说：“我德行浅薄，正值国家厄运的极点，臣子的气节未能树立，匡救国家的举措还未施行，这是我日夜难眠、食不知味的原因。如今宗庙断绝祭祀，百姓无所归依，各位官员都劝我承担起国家大政，我又怎敢推辞，便恭敬地听从大家的主张。”当天，晋元帝即皇帝位。下诏说：“过去我的高祖宣皇帝，顺应天命，开创了晋朝的基业。景皇帝、文皇帝，代代传承光辉，使华夏得到治理。到了世祖，顺应天时，接受天命。其功绩与天地同辉，仁德惠及宇宙。然而上天不保佑，降下大难，怀帝在位短暂，离开都城。灾祸接连不断，大行皇帝驾崩，国家无人主持。于是各位诸侯、三公以及六卿等官员，与众多大臣商议，上至华夏，下至戎狄，将天命赋予我。我敬畏上天的威严，不敢违背。于是登上南岳祭坛，接受天命，焚烧柴薪祭天，颁布祥瑞，祭告上帝。我德行微薄，继承这宏大的帝业，就像涉越大河，不知如何到达彼岸。唯有你们这些辅佐我的股肱之臣、勇猛的文臣武将，才能辅佐安定晋室，帮助我治理国家。我希望与天下万国，共同享受美好与喜庆。”于是大赦天下，更改年号，文武官员都晋升两级。庚午日，立王太子司马绍为皇太子。壬申日，下诏说：“过去执政的人，用行动而不是言语去感动百姓，用实际而不是文辞去顺应天意，所以我为政清静，百姓自然端正。其次是听其言观其行，通过功绩来明确考察。那些有政绩可称，断案公正，百姓没有怨言，能长期保持并不断进步的官员，以及那些当官软弱，欺软怕硬，自身品行污浊，却粉饰名声获取赞誉的官员，都要将他们的名字上报。让在职的官员，借鉴前人的功业，齐心协力，深入思考如何宽待百姓、减少劳役，给百姓带来实惠，不要荒废我的命令。各地的礼品进献，一律禁止。”
夏四月丁丑初一，发生日食。加封大将军王敦为江州牧，晋升骠骑将军王导为开府仪同三司。戊寅日，开始禁止招魂葬。乙酉日，西平发生地震。五月癸丑日，使持节、侍中、都督、太尉、并州刺史、广武侯刘琨被段匹磾杀害。六月，发生旱灾，元帝亲自举行求雨祭祀。将丹杨内史改为丹杨尹。甲申日，任命尚书左仆射刁协为尚书令，平南将军、曲陵公荀崧为尚书左仆射。庚寅日，任命荥阳太守李矩为都督司州诸军事、司州刺史。戊戌日，封皇子司马晞为武陵王。开始设置谏鼓和谤木。
秋七月戊申日，下诏说：“王室多灾多难，奸凶之徒肆意暴虐，国家纲纪松弛坠落，大的谋略被颠覆。我德行不足，继承这宏大的帝业，日夜忧虑国家的安危，想要改正这些弊端。地方郡守、县令应当奉行旧有的法令，端正自身，严明法纪，抑制豪强，抚恤孤独，核实户口，鼓励督促农桑。州牧、刺史应当互相监督检查，不能因私情而损害公义。如果有一心奉公却未得到任用的官员，有贪婪污浊却靠财势安稳做官的官员，若有不举报的，要承担故意纵容、埋没贤才的罪名，若有知情却不了解的，要承担昏庸闭塞的责任。各自要明确谨慎地执行。”刘聪去世，他的儿子刘粲继承伪位。八月，冀州、徐州、青州发生蝗灾。靳准杀死刘粲，自称汉王。
冬十月癸未日，加封广州刺史陶侃为平南将军。刘曜在赤壁僭越称帝。十一月乙卯日，夜晚有太阳出现，高三丈，中间有赤青色的光晕。新蔡王司马弼去世。加封大将军王敦为荆州牧。庚申日，下诏说：“我德行微薄，继承这宏大的帝业，上不能调和阴阳，下不能养育百姓，灾异多次发生，不祥的征兆不断出现。壬子日、乙卯日，雷声震动，暴雨倾盆，这是上天的谴责告诫，用来彰显我的不德。各位公卿大臣，都要呈上密封的奏章，详细陈述得失，不要有所忌讳，我将亲自阅览。”新建听讼观。原归命侯孙皓的儿子孙璠谋反，被诛杀。十二月，刘聪原来的部将王腾、马忠等人杀死靳准，将传国玺送给刘曜。武昌发生地震。丁丑日，封显义亭侯司马焕为琅邪王。己卯日，琅邪王司马焕去世。癸巳日，下诏说：“汉高祖经过大梁，赞美无忌的贤能；齐国军队进入鲁国，修整柳下惠的坟墓。吴国那些品德高尚、名声显著的贤才，若有未被表彰录用的，要详细列出上报。”江东三郡发生饥荒，朝廷派遣使者前去赈济。彭城内史周抚杀死沛国内史周默然后反叛了。
太兴二年春天正月丁卯日，崇阳陵遭到毁坏，晋元帝身着素服痛哭了三天，派冠军将军梁堪、代理太常马龟等人去修复皇陵。原本打算到平阳迎接先帝棺木，没能成功，只好返回。
二月，太山太守徐龛斩杀周抚，将其首级送到京城。
夏天四月，龙骧将军陈川据浚仪反叛，投降了石勒。太山太守徐龛也以本郡反叛，自封兖州刺史，侵犯济北、泰山一带。秦州刺史陈安反叛，投降刘曜。
五月癸丑日，太阳陵被毁，晋元帝又身着素服哭了三天。徐州、扬州以及长江以西各郡发生蝗灾，吴郡出现严重饥荒。平北将军祖逖与石勒的部将石季龙在浚仪交战，朝廷军队战败。壬戌日，元帝下诏说：“天下衰败，又加上灾荒，百姓穷困，国家财用匮乏，吴郡因饥饿而死的百姓数以百计。上天生育百姓并为他们设立君主，选拔任用贤明之人辅佐君主，此时应当深入思考如何拯救这些弊端。从前吴起为楚悼王严明法令，裁减无关紧要的官职，废除疏远的公族待遇，将节省的财物用于犒赏将士，从而使国家富强、军队强大。何况如今的弊端，是百姓生活困苦呢！应当去除并非急需办理的事务，不是军队所必需的开支都要节省。”甲子日，梁州刺史周访与杜曾在武当交战，斩杀杜曾，擒获第五猗。
六月丙子日，加封周访为安南将军。撤销御府以及各郡丞，设置博士五人。己亥日，加封太常贺循为开府仪同三司。
秋天七月乙丑日，太常贺循去世。
八月，肃慎进献楛矢和石砮。徐龛侵犯东莞，朝廷派太子左卫率羊鉴代理征虏将军，统领徐州刺史蔡豹前去讨伐。
冬天十月，平北将军祖逖派督护陈超袭击石勒部将桃豹，陈超战败，战死沙场。
十一月戊寅日，石勒僭越称帝，建立赵国。
十二月乙亥日，大赦天下，诏令百官各自呈上密封奏章，同时精简各种劳役。鲜卑族慕容廆袭击辽东，东夷校尉、平州刺史崔毖逃奔高句丽。这一年，南阳王司马保在祁山自称晋王。三吴地区发生严重饥荒。
太兴三年春天正月丁酉初一，晋王司马保被刘曜逼迫，迁都到桑城。
二月辛未日，石勒部将石季龙侵犯厌次，平北将军、冀州刺史邵续迎击，战败，战死在阵中。
三月，慕容廆进献三枚玉玺。
闰月，任命尚书周顗为尚书仆射。
夏天四月壬辰日，有枉矢星流至翼宿、轸宿之间。
五月丙寅日，晋孝怀帝太子司马诠在平阳遇害，晋元帝为此痛哭了三天。庚寅日，发生地震。当月，晋王司马保被他的部将张春杀害。刘曜派陈安攻打张春，将其消灭，陈安却趁机背叛刘曜。石勒部将徐龛率领部众前来投降。
六月，发大水。丁酉日，盗贼杀死西中郎将、护羌校尉、凉州刺史、西平公张寔，张寔的弟弟张茂继位，兼任平西将军、凉州刺史。
秋天七月丁亥日，晋元帝下诏说：“先公武王、先父恭王统治琅邪四十多年，恩泽施于百姓，他们留下的仁爱之情深系人心。我顺应天命，在江表开创基业，百姓诚心归附，纷纷携带子女前来。现在在本地的琅邪国人将近有千户，如今设立怀德县，归属丹杨郡管辖。从前汉高祖把沛作为自己的汤沐邑，光武帝也恢复南顿的旧制，优待免除赋税徭役的规定，一律依照汉朝旧例执行。”祖逖的部将卫策在汴水大败石勒的另一支军队。朝廷加封祖逖为镇西将军。
八月戊午日，尊奉王后虞氏为敬皇后。辛酉日，将祖先神位迁到太庙。辛未日，梁州刺史、安南将军周访去世。皇太子在太学举行释奠之礼。任命湘州刺史甘卓为安南将军、梁州刺史。
九月，徐龛再次反叛，投降石勒。
冬天十月丙辰日，徐州刺史蔡豹因畏惧怯懦被处死。王敦杀死武陵内史向硕。
太兴四年春天二月，徐龛再次率领部众前来投降。鲜卑族的末波进献皇帝信玺。庚戌日，晋元帝向太庙祭告后，接受了信玺。癸亥日，出现日斗现象。三月，朝廷设置《周易》《仪礼》《公羊传》博士。癸酉日，任命平东将军曹嶷为安东将军。
夏天四月辛亥日，晋元帝亲自审察各类案件。石勒攻打厌次，将其攻陷。抚军将军、幽州刺史段匹磾被石勒擒获。五月，发生旱灾。庚申日，元帝下诏说：“从前汉朝的高祖、光武帝以及魏武帝都曾赦免良人，晋武帝时，凉州沦陷，那些沦为奴婢的人也都恢复了平民户籍，这是历代的成规。现在赦免那些在中州因遭逢战乱而成为扬州各郡僮客的良人，让他们充当征役之人。”
秋天七月，发大水。甲戌日，任命尚书戴若思为征西将军，都督司、兖、豫、并、冀、雍六州诸军事，兼任司州刺史，镇守合肥；任命丹杨尹刘隗为镇北将军，都督青、徐、幽、平四州诸军事，兼任青州刺史，镇守淮阴。壬午日，任命骠骑将军王导为司空。八月，常山崩塌。九月壬寅日，镇西将军、豫州刺史祖逖去世。冬天十月壬午日，任命祖逖的弟弟侍中祖约为平西将军、豫州刺史。十二月，任命慕容廆为持节，都督幽、平二州东夷诸军事，兼任平州牧，封辽东郡公。
永昌元年春天正月乙卯日，大赦天下，更改年号。戊辰日，大将军王敦在武昌起兵，以诛杀刘隗为名，龙骧将军沈充率领部众响应。三月，征召征西将军戴若思、镇北将军刘隗回朝保卫京都。任命司空王导为前锋大都督，任命戴若思为骠骑将军，丹杨各郡长官都加授军号。加授仆射周顗为尚书左仆射，领军王邃为尚书右仆射。任命太子右卫率周莚代理冠军将军，统领三千士兵讨伐沈充。甲午日，封皇子司马昱为琅邪王。刘隗驻军于金城，右将军周札守卫石头城，晋元帝亲自披甲在郊外巡视六军。派遣平南将军陶侃统领江州，安南将军甘卓统领荆州，各自率领所部军队跟踪在王敦之后。
四月，王敦的前锋攻打石头城，周札打开城门响应，奋威将军侯礼战死。王敦占据石头城，戴若思、刘隗率领部众攻打，王导、周顗、郭逸、虞潭等兵分三路出战，朝廷六军战败。尚书令刁协逃到江乘，被贼人杀害。镇北将军刘隗逃奔到石勒那里。晋元帝派使者对王敦说：“您如果不忘本朝，就此停止用兵，那么天下还能共同安宁。如果不这样，我就回到琅邪，给贤能让路。”辛未日，大赦天下。王敦于是自任丞相、都督中外诸军、录尚书事，封武昌郡公，食邑万户。丙子日，骠骑将军、秣陵侯戴若思，尚书左仆射、护军将军、武城侯周顗被王敦杀害。王敦的部将沈充攻陷吴国，魏乂攻陷湘州，吴国内史张茂，湘州刺史、谯王司马承都遇害。五月壬申日，王敦任命太保、西阳王司马羕为太宰，加授司空王导为尚书令。乙亥日，镇南大将军甘卓被襄阳太守周虑杀害。蜀地贼人张龙侵犯巴东，建平太守柳纯将其击退。石勒派骑兵侵犯河南。
六月，发生旱灾。秋天七月，王敦擅自加授兖州刺史郗鉴为安北将军。石勒部将石季龙攻陷太山，擒获守将徐龛。兖州刺史郗鉴从邹山退守合肥。八月，王敦任命他的兄长王含为卫将军，自己兼任宁、益二州都督。琅邪太守孙默反叛，投降石勒。冬天十月，发生大瘟疫，死亡人数达到十分之二三。己丑日，都督荆、梁二州诸军事，平南将军，荆州刺史，武陵侯王廙去世。辛卯日，任命下邳内史王邃为征北将军，都督青、徐、幽、平四州诸军事，镇守淮阴。新昌太守梁硕起兵反叛。京都出现大雾，黑气遮蔽天空，日月无光。石勒攻陷襄城、城父，进而围困谯城，击败祖约的另一支军队，祖约退到寿春据守。十一月，任命司徒荀组为太尉。己酉日，太尉荀组去世。撤销司徒一职，并入丞相府。闰月己丑日，晋元帝在内殿驾崩，享年四十七岁，葬于建平陵，庙号中宗。
晋元帝性情简约、节俭，为人谦逊质朴，能够接纳直言，以谦虚的态度待人接物。刚到江东镇守时，他常常因饮酒耽误政事，王导对此恳切进言，晋元帝命人倒酒，然后举起酒杯将酒倒掉，从此戒酒。有关部门曾上奏，建议在太极殿广室设置深红色帷帐，晋元帝说：“汉文帝用装奏章的黑色袋子来做帷帐。”于是下令冬天用青布，夏天用青綀做帷帐。将要册封贵人时，有关部门请求购买雀钗，晋元帝认为太过耗费而没有准许。他宠爱的郑夫人衣服也没有华丽的色彩。他的表弟王廙为母亲建造房屋超出了规制，他流着泪劝阻。
然而晋室遭遇纷争，皇帝流亡。尽管天命未改，众人齐心辅佐，但军事行动多次发起，却始终没有离开长江流域，经营的范围有限，仅仅保全了吴楚之地。最终还是出现臣下僭越、君主受辱的局面，晋元帝在忧愤中离世。他恭谨节俭的品德虽很突出，但缺乏雄才大略。
当初，秦朝时有望气的人说“五百年后金陵有天子气”，所以秦始皇东游来压制这股气势，把此地改名为秣陵，挖掘北山来破坏地势。等到孙权称帝，自认为应了这预言。孙盛认为从秦始皇到孙氏历经四百三十七年，考察历数，还没到预言的时间；而晋元帝渡江时，是五百二十六年，真正应天命的人正是他。咸宁初年，大风吹折太社的树，社中有青气，占卜的人认为这是东莞有帝王祥瑞的征兆。因此将东莞王改封到琅邪，就是晋武王。等到吴国灭亡，王濬最先到达建邺，而孙皓投降时，将玉玺远远地送到琅邪。天意和人事，又一次符合了晋朝中兴的征兆。太安年间，有童谣说：“五马浮渡江，一马化为龙。”到永嘉年间，岁星、镇星、荧惑、太白聚集在斗宿、牛宿之间，有见识的人认为吴越之地将会有王者兴起。这一年，西晋王室覆灭，晋元帝与西阳王、汝南王、南顿王、彭城王五位王爷得以渡江，而晋元帝最终登上皇位。当初，玄石图上有“牛继马后”的预言，所以晋宣帝非常忌惮姓牛的人，于是制作了两个酒器，共用一个口，用来装酒，自己先喝好酒，而用毒酒毒死了部将牛金。然而琅邪恭王妃夏侯氏竟然与小吏牛氏私通生下晋元帝，这也应验了预言。
史官评论道：晋朝没有预料到祸乱，从国家内部开始衰微，五胡势力强大，国家宗庙失去尊严，天下大乱，百姓于是怀念晋朝往日的德政。过去汉光武帝凭借几个郡而成就帝业，晋元帝凭借一个州而登上皇位，难道是晋武帝、晋宣帝留下的教化在琅邪依然畅行，汉文帝、汉景帝传承的仁德在南顿留下美名？这就是所谓虽然错过了天时，却在人事上领先。各地纷纷上书劝进，车辆众多，华盖成荫，星斗呈现祥瑞，金陵显示吉庆。陶侃统领三州军队，使郢都之外得以安宁；王导制定分陕而治的策略，让江东得以立足。有时军旗还未挥动，远方的人心就已归服，众人回首仰望，期盼圣君，晋元帝多次辞让皇位，最终还是无法推脱。他用布帐綀帷，详察刑狱，简化政务，继承前人的轨范，开启东晋中兴。古代私家不私藏兵器，大臣不滥用权威，这是君王的常规制度，用来教导辅佐大臣。晋元帝失去对权臣的控制，自己失去了权力，两京被胡羯占据，战乱不断。虽然没有像周穆王那样巡游天下的事迹，但是百姓流离失所的悲歌却传得很远，晋元帝在位时间不长，实在是可悲啊！